Alors que les bases souterraines d'Umbrella restent actives partout dans le monde, le Général Wesker, basé à Tokyo, continu ses sombres projets de fabrication d'un soldat parfait. Parallèlement, dans le désert du Nevada, Alice découvre que la société a fabriqué des centaines de clones d'elle. Bien décidée à se venger, elle entreprend un périple jusqu'à Tokyo pour en finir définitivement avec Umbrella.