En 1914, à Washington, le jeune cartographe et linguiste Milo Thatch réalise son rêve de prendre part à une expédition pour retrouver Atlantis, le mythique empire engloutis depuis des siècles au fond de l'océan. Milo a cependant de la difficulté à s'intégrer à l'équipe internationale d'explorateurs dirigés par le commandant Rourke. Après plusieurs péripéties sous-marines, l'expédition parvient à atteindre le site d'Atlantis. Milo ne tarde pas à fraterniser avec la princesse Kida, qui en vient à lui révéler que son peuple a survécu durant ce temps grâce à l'énergie d'un énorme cristal aux vertus curatives. Or, le cupide Rourke et sa bande veulent s'emparer de ce précieux cristal sans se soucier qu'ils provoqueront ainsi l'annihilation de brillante civilisation d'Atlantis.
«DRÔLE ET AMUSANT! Une aventure animée hors classe.» -Jane Horwitz, The Washington Post
"SENSATIONNEL! LE MEILLEUR FILM FAMILIAL DE L'ANNÉE." Tony Toscano, KJZZ -TV. Salt City