Mme Brisby, la souris des champs, doit songer à déménager de son logis avant les labours du printemps. Mais l'un de ses souriceaux est maladee et elle n'ose l'exposer à l'air frais. Elle consulte un vieil hibou qui lui conseille de s'adresser à une colonie de rats installée près de la maison de ferme. Ces rats sont les survivants d'expériences en laboratoire et jouissent d'une intelligence exceptionnelle. Leur chef accepte de venir en aide Mme Brisby mais l'un de ses lieutenants fomente une révolte.